時は戦国。“志能便”（シノビ）の修行を積み、特殊技能を得た４人の少年たち。“悪魔”が蔓延る暗黒のヨーロッパを救うべく、海を渡る――!!史実に基づく「少年航路巨編」ここに開幕!!!

囚われの少年達は、織田信長と脱走を図る！黄金（マレー）半島に辿り着いた使節団の少年達。マンショとミゲルの２人は、悪しき領主の手によって投獄されてしまう。そして牢の中で出会ったのは、なんと、死んだはずの織田信長。３人は協力し、命を懸けて脱走を試みるが――！？

使節団×信長×悪魔。三者の思惑が衝突！インドのゴアに到着した使節団。そこでは、信長一行の手によって大勢の神父が虐殺されていた。しかし信長は「まことを見よ」と告げる…その言葉の真意とは、一体――！？そして、真の黒幕が明らかになる！！！

少年使節団ＶＳ．悪魔、決着の時！最終巻！ゴアでの激しい戦闘によって、バラバラになった使節団の少年達。ミゲルとしゆんは錬金術師の館で、マンショとマルチノは絶海の孤島で、それぞれ悪魔と死闘を繰り広げる！二組は、宿敵・ヴァリニャーノの元へ辿り着くことができるのか――!?少年航路巨編、感動の最終巻!!