大人気劇場版アニメがコミックで読める！　タソガレドキ忍者・諸泉尊奈門との決闘の後、行方不明となった土井先生。山田先生と六年生が捜索を始める中、担任不在の一年は組では、タソガレドキ忍軍の忍び組頭・雑渡昆奈門と、尊奈門が教壇に立つことに！　そんな中、きり丸は偶然、土井先生が置かれた状況を知ってしまう。一方、土井先生捜索中の六年生の前にドクタケ忍者隊の軍師・天鬼が現れる。その顔は土井先生と瓜二つで――