死んだ地球のすべてが歯車だけで再現・再構築された千年後の世界を舞台に、誰もまだ見ぬアドベンチャーが幕を開ける！　機械好き高校生、見浦（みうら）ナオト、毒舌超技巧自動人形リューズ・ユアスレイブ、天才時計技師マリー・ベル・ブレゲ、機械化ボディガードのヴァイネイ・ハルター。時計仕掛けの世界に4つの歯車が介入した時、運命すらも大回転する！　大人気ノベル待望の漫画化！　壮大なクロックパンク・アドベンチャー開幕!!

ナオト、リューズ、マリー、ハルター。揃ってしまった運命の歯車たち。闇で進行する『軍』の計画をぶっ潰す4人の逆転劇が幕を開ける!!　地球のすべてが時計仕掛けで再現・再構築された世界を舞台に展開する、壮大なクロックパンク・アドベンチャー！

陰謀に塗れたこの世界に真っ向から抗う正義の犯罪（テロリズム）宣言!!　惑星を丸ごと歯車で再現改修した千年後の地球。ナオト、リューズ、マリー、ハルターたちに迫る新たな陰謀の舞台は工業区画・三重！　壮大なクロックパンク・アドベンチャー！

Initial-Yシリーズの姉妹対決――地底に潜む陰謀の全てが明かされる！　工業区画・三重の地下に隠されていた巨大兵器とアンクル。時計仕掛けの惑星の闇で胎動する身勝手な破滅計画とナオトたち正義の犯罪者は、真っ向から対立する！　壮大なクロックパンク・アドベンチャー！

『相対機動』対『絶対機動』！ 時を歪め空間を切り裂く超次元対決!!　多重区画領域・東京、秋葉原。都市機能を乗っ取りテロを仕掛けたナオトたちに地下より迫る巨大兵器。そして立ちはだかる敵はアンクル！　壮大なクロックパンク・アドベンチャー！

全てが静止した絶望の中で天才と異能が交錯する！　リューズとアンクルの壮絶な戦いに決着。そこへ動きを止めない巨大兵器の電磁攻撃！　止まる区画・秋葉原でナオトたちは――!?　壮大なクロックパンク・アドベンチャー第6巻！

自由気儘に！　気持ちよく！　腐った陰謀をぶっ潰せ!!　テロ、巨大兵器、政府の停止、軍部の暴走。国難メガ盛りの日本国。でもその元凶、我にあり。全ての罪を背負ったナオト達の皇宮襲撃作戦が始まる！　壮大なクロックパンク・アドベンチャー！

東京陰謀編完結＆新章開幕！　犯罪都市、区画・シャングリラへ！　違和感が磨き上げた異常聴覚者、三浦ナオト。努力が作り上げた天才時計技師、マリー・ベル・ブレゲ。異能と天才が紡ぐ奇跡が、世界を覆う諦念を打ち払う！　そして救国の英雄は犯罪者の汚名を被り新たなステージへ！　壮大なクロックパンク・アドベンチャー第８巻！

犯罪都市、区画・シャングリラ編。果てしなく深いその闇の領域へ！！　世界を変える力を持つ異能少年と天才少女。その二人に絡みつき動きを封じる「裏切り」と「脅迫」の連鎖。錆びつく運命の歯車。これが権謀術策が渦巻く犯罪都市の流儀！　そこへ新たなinitial-Y機が降り立ってーーーー？　壮大なクロックパンク・アドベンチャー第９巻！

老朽化してとっくに滅んだ惑星で少年と少女は新たな神話を築く！　犯罪都市・シャングリラに渦巻く権謀術策に絡め取られ動きを封じられるナオトたち。だが思い出せ、こうだったか？　俺たちは「やりたいようにやってきた」だけじゃなかったか？　覚醒するセカンドイプシロン。ついでに世界も救ってやるか！　壮大なクロックパンク・アドベンチャー、完結！