錬金術の才能を買われ、平民でありながら宮廷錬金術士として認められたアイラ。錬金術を使った調合によって、日々回復薬や毒消し薬、ダークポーションやポイズンポーションなどを精製していたが、平民を認めない第二王子によって宮廷錬金術士をクビになってしまう。途方に暮れたアイラは、知り合いの宿屋の片隅を借りて薬屋を始めると、薬の種類と抜群の効果により、あっという間に店は大繁盛。一方、アイラを追放した第二王子は貴族出身の宮廷錬金術士を新たに雇い入れたが、思うような成果は現れず、徐々に窮地に追い込まれていく。起死回生の策を練った第二王子は思わぬ行動に出て――。追放された錬金術士が大成功を収める異世界薬屋ファンタジー、いま開幕！

ある日の冒険者ギルドでは、序列５位以内の猛者たちが集まる冒険者会議が開かれていた。従業員募集の結果発表を確認するため、ちょうどその日にギルドにやってきたアイラは、上位冒険者のカミーユに「錬金術師なんてアイテム製造しかできない役立たずだ」と馬鹿にされて落ち込んでしまう。そこに突然、あの人がやってきて――追放された錬金術士が大成功を収める異世界薬屋ファンタジー、第二弾！