ダンジョンが現れて5年、15歳でダンジョンに挑むことにした。

ダンジョンが現れて5年。そこは15歳以上の人間の自由意志のみで入場が許可される不思議空間。学校生活に馴染めない六条祐太は、15歳の誕生日に1人ダンジョンに挑むことにしたが…!?

順調にレベル上げを進める祐太と美鈴。２人のパーティーにアメリカのトップモデルであるエヴィー・ノヴァ・ティンバーレイクが合流することになる。レベル1000を目指す３人は、甲府ダンジョンから池袋にある特級ダンジョンに再度挑もうとするが…!?

無理だと思われていたダンジョン攻略を順調に進め、二階層への階段を見つけた祐太。祐太がレベル上げに成功し、学校の高嶺の花である美鈴とパーティを組んでいることが気に入らない池本と小春は!?

自分のことをいじめ苦しめ続ける池本との関係に終止符を打ちたい祐太。己の過去と決別する覚悟を決めた祐太は、浅草ダンジョンで池本と対峙する。レベルが倍以上の池本に対し、自分が持ちうる全てを賭けて挑むのだが…!?

第3階層のパーティクエスト“レベル16以下でフロアボスのゴブリン大帝パーティ討伐”への第一歩、ゴブリン集落の殲滅に向けて動き出す祐太たち。だがその前に、甲府ダンジョンの要注意人物である米崎に目を付けられてしまう。米崎が祐太に出した宿題とは!? また、クエストを進めるにあたり窮地に立たされたリーンに変化が起こり…!?