数多の強敵を打ち破り、波乱の高校生活に幕を下ろした司波達也。彼は新たな野望の実現のため動き始めていた。　一般社団法人『メイジアン・カンパニー』。　達也が専務理事に就任したその組織の目的は、魔法適性はあるものの実用レベルに至らない存在、メイジアンの人権保護の実現。魔法師が兵器ではなく人間として生活できる新時代へ向け、達也は大学生ながら、確実に歩みを進めていた。　戦略級魔法師を凌駕する影響力を持つ達也の動向は、当然ながら世界中から注目を集める。USNAにある魔法師の結社『FEHR』から、達也の動向を探るべく刺客が送り込まれ……。　司波達也の新たな伝説が幕を開ける――。

メイジアン・カンパニーのメンバーは魔工院の設立準備を進めていた。達也は十師族の一員である八代家の隆雷に、学院長就任の打診をする。魔法資質保持者の人権自衛という目的のために、着実に行動していた。　そんな中、加工途中のレリックを狙った魔法師犯罪が勃発。その背後には人造レリック盗難事件の犯人が属していたUSNAの魔法至上主義過激派組織『FAIR』の影が……。達也はこれに対抗するために同じくUSNAの魔法団体『FEHR』との接触を試みる。　三つの組織が交わることでレリックを巡る争いが激化する――。

FEHRとの提携交渉のためUSNAへ向かう真由美と遼介。優秀な魔法師の海外流出を防ぐために海外渡航が自粛されている中での渡航。自粛を要請している国防軍への挑発行為と受け取った情報部は、国を牛耳る陰の組織、元老院へ助力を求める。　しかし、国内に残る達也にも策はある。魔法師の自由を確立するため、魔法の存在意義を示すため、達也が持つ最強魔法、マテリアル・バーストが放たれる――。　一方、魔法大学のキャンパスでは普段と違う空気が流れていた。リーナが渡米しているため深雪の護衛として達也がそばにいることが増える。そのことにやきもきする、とある男女の姿が……。

魔法師選民思想過激派組織FAIRのナンバー２、ローラ・シモンはカリフォルニア州にあるシャスタ山を訪れていた。　目的はレリックが眠るとされる遺跡の発掘。魔法が使える優等種が支配する社会を実現するための武器を求めて怪しい動きをしていた。　FAIRの野望を阻止すべく、達也は魔法師人権保護団体FEHRとの提携のため、真由美をUSNAへ派遣する。FEHRの本部で思わぬ人物との再会に喜ぶ真由美と護衛として同行した摩利。　FEHRの代表を務めるレナ・フェールとの交渉は順調に進んでいたが、提携の阻止を目論む勢力が真由美たちの背後に忍び寄り……！

USNAのシャスタ山から出土した『導師の石板』と『コンパス』。この二つの道具はともに、古代の高度魔法文明都市・シャンバラへの道を示すものではないかと考える達也は、光宣にコンパスを預け、観測を依頼する。　調査の結果、シャンバラの遺跡が中央アジアにあるのではと考えた達也は、メイジアン・ソサエティとFEHRの提携書署名式のためにインド・ペルシア連邦へと向かう。　一方、警察からの強制捜査を逃れたFAIRのリーダー、ロッキー・ディーンのもとにある男が訪ねてくる。その人物は大亜連合の特殊工作部隊『八仙』の一人だと名乗っており……。

IPUのチューダクール湖で新たな遺物を見つけた達也たち。　遺物を伝説の古代文明シャンバラへの『鍵』であると考える達也は、この白い石板と新たに見つけた青、黄色の石板の3つの『鍵』をヒントに、次なる目的地をIPU連邦魔法大学ウズベキスタン校舎に設定する。　シャンバラの遺物、もしくはその手がかりを求めて魔法大学へ向かう達也たちだが、その背後に不穏な影が。　遺物を狙う視線、そして達也たちへ幻覚魔法が襲いかかる。敵の正体は不明だが、激しい攻撃は確実にシャンバラへと近づいている証拠。　そしてついに達也たちはシャンバラの遺物へとたどり着く――！

シャンバラ探索から帰国した達也たち。USNAに眠る大規模破壊魔法[天罰業火]を封印するため、再度旅立とうとする達也に対し四葉真夜は出国を許可しない。　達也を国内に留まらせ、国内の抑止力としたい四葉家の裏のスポンサー東道青波の意向に沿うためだ。達也としても東道との契約は無視できないものだった。　世界情勢も大きく変わろうとしていた。IPUがチベットに出兵し、大亜連合に対して宣戦布告したのだ。日本国内でも動きがあり、軍部を中心に達也を文民監視団として派遣しようと画策していた。　大亜連合でも引き続き達也の暗殺が企てられており、その足掛かりとして一条将輝に忍び寄る影が――。

サンフランシスコが一夜にして暴動に包まれる。FAIRのロッキー・ディーンが古代遺跡から入手した大規模魔法によって引き起こされたのだ。　事態を重く見たスターズ総司令官のカノープスはこの状況を打破するために達也に助けを求める。時を同じくしてFEHRのレナ・フェールからも達也に協力の依頼が。　魔法師の海外渡航は制限を受けるものだが、今回は四葉家の影のスポンサーでもある東道の同意も得ることができた達也。　何故か国防軍も渡航に協力的で、出国の準備は整った。達也はまたUSNAへと渡り、サンフランシスコの危機に挑む！

サンフランシスコ暴動は収まり、平静を取り戻した。達也は暴動を引き起こした魔法ギャラルホルンの対抗魔法の開発を急いでいた。　一方、日本の政界の黒幕でも動きが。元老院四大老の一人、穂州実明日葉が、四葉家への粛清計画を進めていた。彼女らが自分の縄張りだと見なしていた富士山麓の遺跡を達也が無断で発掘したためだ。魔法を絶対的に無力化する異能を持つ、次期当主の富貴花を中心に四葉の隠れ里襲撃を企てる。　絶体絶命の四葉家だが、達也のことを憎む分家の当主、黒羽貢がどうやら不穏な動きをしており……。

四葉本家への襲撃と、大亜連合、新ソ連それぞれからの攻撃を対処して、つかの間の平穏を過ごす達也たち。　国内外から恒星炉プラント誘致の申し込みがあったりと、達也の目指す世界、魔法師が兵器ではなく、人間として生活できる世界の実現に向けて、着実に歩みを進めていた。　しかし、次なる脅威はすぐそこまで迫っている。　達也に何度も苦汁を飲まされ、復讐に燃える大亜連合軍の次の狙いは、日本の新たな『使徒』一条将輝で、どうやら作戦の鍵は劉麗蕾らしく……。

ロッキー・ディーンが自らの命と引き換えに発動した、先史魔法文明の秘術「ギャラルホルン」。　人間が持つ破壊衝動を解き放つ、戦略級魔法に匹敵する規模の影響力を持つ魔法だ。　術者であるディーンの死後も依然として「ギャラルホルン」は猛威を振るう。一般人だけでなく魔法師もその毒牙に抗えず、混沌は拡大しつづけている。　ディーンに替わる新たな寄生先を求めた「ギャラルホルン」のデーモンが宿主として選んだのは、テロ対策として動員されていた空澤だった。　この未曽有の危機に、リーナと文弥が立ち向かう！