終末のマリステラ

宇宙は崩壊し、人類はわずかに残った大地で暮らしていた。旧世界の情報が溶け出し、混沌とした情報の海と化した大気が満ちる世界。その海から飛来してくる有翼海洋生物の襲来に対抗するため、人類は旧世界の叡智を結集して生み出した、「天使」と呼ばれる少女たちに世界の未来を託した。

聖地に隠された旧世界の叡智を手に入れなければ、人類の未来はない。聖地奪回を命ぜられたラキア率いる第六天使団は、学徒隊とともに真十字軍遠征隊を結成。しかし、はるか西方に聖地を臨む前哨基地でラキアたちは海洋類の執拗な攻撃を受けることになる。

前哨基地で海洋類に襲われた第六天使団は古都エルラフルに退いた。人的被害は甚大であり、真十字軍は部隊の再編成を余儀なくされる。新たな補充兵として教会情報機関より配属されたのは、第三世代と呼ばれる天使だった。一人で「小隊」に匹敵する能力を有する新兵を加え、第六天使団は再び聖地に向かう。

幾多の犠牲を出しながらも聖地に辿り着いた第六天使団。ユミルははぐれたラキアを探そうとするが、タルイスがその前に立ちふさがった。２人が戦う中、ラキアは世界を終わらせるという、メシアを出産する。