完璧なレベル99など存在しない

ある日ゲーマー少年・裕貴が目覚めると、そこは異世界だった。自分がプレイしてきたゲームの登場人物たちが集っている状況に戸惑う彼は、心優しい少女騎士・シャノンに助けられながら何とか現実に帰還する方法を模索しはじめたが ── あるとき驚愕の事実を知ってしまう。　「おれがこの世界で最強……レベル99……っ!?」　裕貴はゲームの英雄たちからリーダーに抜擢されて……!?

現代日本から異世界に飛ばされた元ゲーマー少年、現・ゲームキャラたちを率いる『軍師』の裕貴。そんな彼に新たな苦難が訪れた。砂漠の国で一行のピンチを救った獣耳の少女・アルル。彼女は『高レベルで加入するが、強制イベントで洗脳され、敵となる』という悲しい運命を背負ったゲスト参戦キャラクターだったのだ。強力な仲間の加入に湧く他のメンバーをよそに、裕貴は指導者として、そしてキャラを愛するゲーマーとして苦悩する。果たして裕貴の決断は!?彼のレベル99の力とゲーム知識は事態を打破出来るか!?

引き続き謎の異世界の探索を続ける《レベル99》の裕貴率いるゲームの世界のキャラクターたち一行。新たに訪れた地域で地下99階に及ぶ『無限生成ダンジョン』へと立ち向かうこととなった彼らは、複数のチームに別れ、迷宮の攻略を開始した。　しかしあるとき、彼らよりはるかに早いペースで攻略を進める謎の人物が出現する。裕貴たちとは対照的にたった一人で戦い続ける謎の《単独攻略者》の正体とは──!?　そして迷宮の底で、裕貴たちを待つものとは!?

現代日本からやってきた者同士、頻繁に情報交換をするようになった裕貴と桐香。シャノンは仲よさげな二人を見て、もやもやした感情を抱えるようになる。三人の関係が不和を起こしはじめたそのとき、彼らの前にあらたな人物が現れた。彼女は創造主を名乗り、あまたのRPGの設定を混合してこの異世界を作り上げた張本人であると告げる。驚愕する裕貴たちを尻目に、彼女は驚くほどあっけない現代日本への帰還手段と、限りなく重いその代償を口にする──！　『完璧なレベル99』シリーズ、ついにクライマックス！