号令と共に教室を満たす銃声！　椚ヶ丘中学校3年E組は生徒全員が先生の命を狙う暗殺教室。教師と生徒、標的と暗殺者の異常な日常が始まる――!!

E組に新たに配属された美人外国語教師。彼女の正体は美貌と巧みな話術で対象に近付く凄腕の殺し屋だった!!　殺せんせー暗殺の準備が着々と進み…!?

修学旅行中に拉致された茅野と神崎!!　渚達は殺せんせーが用意したしおりで2人の行方を探る。そして京都で繰り広げられる殺せんせー暗殺の行方は!?

E組にやってくる2人目の転校生。1人目の律を圧倒的に上回るとされる、その驚くべき暗殺能力とは!?　殺せんせー誕生の謎も徐々に明らかに!!

殺せんせー暗殺を確実なものとするため、防衛省はE組に新しい教師を派遣した。彼は烏間に代わり生徒の訓練担当になるが、常軌を逸した教育方針で!?

殺せんせー最大の弱点は水!?　水殺の機会を窺うE組の生徒達だが、妨害工作を行う裏切り者が現れる。彼の手引きをしていたのは、あの2人だった──!!

夏休みに入り、南の島へとやってきたE組。そこでかつてない規模の殺せんせー暗殺計画が遂行されようとしていた。秘密裏に準備を進める生徒達だが!?

夏休みのE組を突如襲ったウイルステロ。無事な生徒達は薬を奪取する為、犯人の待つホテルへ潜入した。彼らの暗殺技術は本職の殺し屋に通じるのか!?

目の前で治療薬を破壊した鷹岡に激昂する渚。しかし、正面戦闘では暗殺技術は使えず鷹岡に圧倒される。ロヴロ直伝の必殺技で起死回生なるか──!?

殺せんせーに下着ドロ疑惑が!?　殺せんせーは生徒の信頼を取り戻すため、真犯人の捜査に乗り出す。だがこれは、またしても奴等による罠だった――!!

暗殺期限まで残り五か月…焦る生徒達は、自らの力を過信し、重大な事件を起こしてしまう。正しい暗殺者であるために、殺せんせーが課した試練とは!?

E組生徒に支給された新しい体育着は、世界最高の性能を誇る代物だった。暗殺の幅が大きく広がった生徒達に忍び寄る黒い影が…。殺し屋“死神”襲来!!

殺せんせー暗殺に成功したその先は？　進路相談を行う事になったE組だが、渚は自分の才能の事で迷っていた。そして帰宅した渚を待っていたのは…!?

期末テストに向けて、浅野理事長がA組の担任に！　E組への憎悪を煽る異様な授業風景を見て、息子・学秀はE組にある依頼を持ちこむ。その狙いは…!?

シロをして「怪物」と言わしめる希代の殺し屋が遂に目を覚ます！　殺せんせーを追い詰める凄まじい力、そしてその驚愕の正体。E組をかつてない嵐が襲う!!

殺せんせーが語る自身の過去…。それは1人の人間への苛酷な人体実験と、ある女性との間に結ばれた絆についてのものだった。それを聞いた生徒達は!?

殺せんせーの暗殺も大詰めという段階でE組が内部分裂！　性格は全く違うが、これまで不思議と気の合った渚と業（カルマ）の間にも不穏な空気が流れ始め……!?

宇宙ステーションをハイジャックするという常識外のミッションに挑む渚とカルマ。彼らは無事に殺せんせーを救う研究の情報を手に入れられるのか…!?

殺せんせー最終暗殺が始動！　その計画は国家という枠組みを超えて秘密裏に進められていた。急変する事態の中でE組の生徒はどんな選択をするのか!?

殺せんせーと感動の再会を果たした生徒達。しかし激しい憎悪から生まれた2人の怪物が迫り来る。最後の闘いの行方は!?　そして生徒達は――

中学を卒業した渚達は、それぞれどのような道を歩んでゆくのか…。『暗殺教室』感動の完結巻！　殺せんせーのオトナな私生活を描いた番外編も収録!!　読切『東京デパート戦争体験記』収録