人に恋する気持ちがわからず悩みを抱える新入生・小糸侑は、生徒会の先輩・七海燈子が告白を受ける場面に遭遇する。誰からの告白にも心を動かされたことがないという燈子に共感を覚える侑だったが、やがて燈子から思わぬ言葉を告げられる。「私、君のこと好きになりそう」

七海燈子が生徒会長になり、新たな生徒会が動き出す。生徒会役員となった小糸侑は燈子からの想いを受けつつも、いまだに自分の中に、特別な感情が芽生えないことを苦く感じていた。「わたしも、七海先輩を好きになりたい」そう感じ始める侑だったが──。

七海燈子と小糸侑。徐々に距離を近付けるふたりに、佐伯沙弥香は焦燥感を募らせていた。だが、燈子が望む形で彼女の傍にいることを決めた侑は人を好きになることを諦めようとしていた。「わたしは誰も好きにならない。これまでも、これからも。」

七海燈子の念願である生徒会劇。夏休みに入り、その練習合宿が行われる。それぞれの思いを秘めながら合宿に臨む燈子、侑、沙弥香。その一方で、燈子の追い求め続けた理想は、揺らぎ始めていた。「侑は私のこと、好きにならないでね」

燈子を変えたい。自らの願いを見つけた侑は、こよみに生徒会劇脚本の改変を提案する。だが、侑の願いは燈子の望むものではなく……「お姉ちゃんになるのが間違いなら、私は何になればいいの」

ついに始まる生徒会劇。それは燈子にとって目的であり、今までの自分を出し切る終着駅のはずだった。侑の願いが込められた脚本が燈子の心にもたらすものは。そして──そのときが訪れる。「私だけがあなたの特別でいられたのに」

自らの足で前へと進み始めた燈子。だが、その隣は侑の居場所ではなかった。すれ違ったまま時が過ぎ、燈子と沙弥香は修学旅行へ。「思いを伝える。その時は、もう来ている」

TVアニメ化・舞台化の大ヒット恋愛作品『やがて君になる』完結巻。恋を知らない少女が出会った恋物語。その行方は――。