時は現代！　世を忍び悪を討つ公安忍部隊のヨダカは、女子高生・向日アオイの護衛を命じられる。極端にコミュニケーションが苦手なヨダカは目立たず生徒となりアオイを護る予定が、何故か彼女と友達になり!?

アオイを狙う抜け忍を撃退したヨダカとヒバリ。だが、次なる刺客が平穏な高校生活を脅かそうとしていた――!!　体育祭に向けた準備が進む中、行事に積極的になれないヨダカは護衛任務をウミネコに託すが…!?

抜け忍トビの奇襲を退け無事戻ったヨダカに、心から安堵するアオイ…。そんな彼女に、ヨダカは胸に異変を覚えるようになってしまう!!　しかも、新たな護衛忍者のスズメがアオイの「恋人役」に名乗りを上げ!?

アオイの誕生日を祝いたい――その一心で、潜入任務から帰還したヨダカだが公安から任務失敗とみなされてしまう。ミミズクと共にヨダカが向かうのは!?　そして夏休み、ヨダカはアオイと海に行くことになり!?

潮塞港の合同演習で、血界持ち揃いの6号部隊とヨダカたち9号部隊がついに全面対決――!!　6号部隊エースのハヤブサがヨダカの若手“最強”の座を狙う一方、ウミネコは格上の実姉ムクドリに挑むことになり!?

約束を果たすためアオイを誘い夏祭りに参加したヨダカは、ついに彼女への想いに一つの答えを見つける。だが、情報と感情の整理が追いつかずに知恵熱を出した上、アオイを狙う抜け忍軍団の急襲に遭い――!?

抜け忍からアオイを奪還したウミネコとヒバリのもとに、6号部隊のハヤブサとムクドリが駆け付けた…!!　2人は抜け忍のコノハと忍法を駆使し激戦を繰り広げるが、謎の錠剤を口にしたコノハに異変が起こり!?