立場が逆転したボルトとカワキ。ボルトがナルトを殺した反逆者として追われて3年、木ノ葉隠れの里をコードと「爪アカ」が急襲、サラダ達が対応に追われる最中、成長したボルトが現れ!?　運命の渦が再び動く!!

ボルトとカワキの立場が逆転した「大異変」から3年。コードが操る十尾が自我を持つ「神樹」へと進化し、世界の新たな脅威に！　サスケも「木」に取り込まれて…。再び里に戻ったボルトだが、そこにミツキの急襲が…!?

木ノ葉の里に襲来した神樹の十羅と左。ヒマワリを喰わんとする十羅に猪鹿蝶の第十班が抗う最中、ヒマワリの中の「九尾」が目覚めて…。一方、左もサラダと遭遇、戦闘が勃発。木ノ葉の窮地にボルトとカワキは!?

十羅の魔弾に倒れたボルトは、果心居士との過去を回想。居士が語った衝撃の未来とは!?　そしてボルトが木ノ葉に捕らえられ激しい尋問を受けている最中、砂の里から異変の報が！　新たな人神樹が発生して…!?

砂の里での任務に就くサラダ、ミツキと木ノ葉丸。ヨド、アラヤと共に神樹の祭と粒に対峙する。祭は木ノ葉丸に特異な反応を示し、二人に不思議な空気が漂い…。一方、カワキはアマドに「設定」変更を強要し!?

無意識に封印していた能力、万華鏡写輪眼を覚醒させたサラダ！　砂鉄を操り圧倒的な力を誇る粒に反撃開始!!　一方、祭に喰い殺される寸前の木ノ葉丸を救うべく、ついにボルトが参戦、十羅との激闘が開幕!!

祭と粒を倒した木ノ葉丸達が帰還。サラダとスミレは互いの想いを語り合い関係の修復を果たす。同じ頃、果心居士はいのじんに接触を図り協力を求めるが、里ではボルトに与する背信者の探索が強化されて――!?

木ノ葉の里に虫（マムシ）が襲来！　ボルトはモモシキとの取引の後、再び「楔（カーマ）」の力を発動、数を増やす虫を駆逐し続けるが…。一方、火の国の側用人コブがボルトへの内通者捜しを強化。その手はシカマルにまで迫り!?