クノイチノイチ！

修学旅行で忍者屋敷を訪れた高校生のイチは、見学中に不思議なからくりに巻き込まれ、伊賀甲賀が勢力を争う忍者の世界にタイムスリップしてしまう。現代へ帰る手がかりを求め、忍者の教育施設「紅学園」に潜入を試みたイチだが、そこは「男子禁制のくノ一学園」で……!?

くノ一の教育施設「紅学園」に潜入した高校生のイチは、現代に帰るヒントが秘められるとされる「忍法帖」を探す日々に東奔西走。手がかりを求め忍び込んだ旧校舎から命からがら脱出したイチは、潜り込んだ理由をあやめに問い詰められ……!?

紅学園に潜入したイチは次なる手がかりを求め、曲者達が収監される地下牢へ美月と潜入を試みる。しかし美月の裏切りによりイチは幻術にハメられてしまう。彼女の目的は!?　そしてイチは術を抜け出せるのか──!?

忍法帖奪取を企てる謎のくノ一集団の襲撃により、あやめ達に男であることがバレてしまったイチは紅学園を去ることに。しかし、そんなイチのもとにくノ一小咲の魔の手が忍び寄り…!?

遂にお館様の正体が明かされ、戦いは最終局面へ突入!!　お館様を食い止めるミオに加勢するため紅学園へ急ぐイチ。忍法帖を巡るイチと仲間たちの物語の行方は…!?　隠密忍者エロコメディ第1部、ここに完結!!