突然異世界に召集され、謎の存在に「『スキルの素』を３つ選べ」と言われた俺、タクミ。でも待てよ、『スキル』じゃなくて『スキルの素』ってどういうこと？　その２つの差に唯一気付いた俺は、スキルの数値を操作して勝手に強化できる、異世界初の「ハッカー」として覚醒した！　手始めに、戦闘向きでないスキルのおかげでつらい思いをしていた美少女・ミアのスキルを操作してパーティーを組み、バカにしていたやつらを見返して無双するぞ！

反エルフ同盟成立の立役者となったタクミは、人族と魔族の争いを止めるために魔族領へ。魔族の頂点に君臨する魔王の一撃を防いだことで、魔族からも認められたタクミだったが、己の実力不足を痛感する。そして模索した末、ついにハッカーならではの「新たなるチートスキル」の開発に成功。さらに、タクミたちは「常識外れのパワーレベリング」「実力未知数の愛らしい仲間の加入」により飛躍的に戦力が向上。そんな彼らの前に、「死神」と呼ばれるSランクの異世界人が立ちはだかる――！