全ての人々が魔法を使える世界――そんな世界で、魔法が全く使えない少年アスタは、魔法騎士団『黒の暴牛』に入団。魔道士の頂点、魔法帝を目指し、仲間と共に数々の強敵と戦ってきた。これは、そんなアスタと仲間が出会った“もうひとつ”の物語――

若返ったヤミは、仲間であるカルナを連れ戻す決意を固める。しかしカルナは父に身体を操られ『白夜の魔眼』と共にクローバー王国崩壊を企てる。そして魔法帝も戦いに備え、魔法騎士団の団長3人を招集するが!?

西の魔宮（ダンジョン）にて絶望のヴェットと交戦するヤミたち。圧倒的な強さを誇るヴェットだが、更に「三つ目状態」へと姿を変える!!　絶体絶命のヤミたちの運命は…!?　そして北の魔宮では、カルナの魔法でユノとクラウスの2人が操られてしまう…!?

カルナの放つ最大の一撃に、なすすべが無いヤミたち。クラウスの機転で間一髪助かるも、東西南北全ての石碑が破壊されてしまう!!　果たして、クローバー王国とヤミたちの運命は…!?　一方、王都に帰還した団長たちと魔法帝は、カルナと『白夜の魔眼』の企みを暴いていく!!

ついにクローバー王国へ侵攻して来たカルナと『白夜の魔眼』。王国の魔法障壁は破られ、戦いは混戦を極める。一方、紅月により増したカルナの魔力に苦しむアスタ。だがアスタには、まだ奥の手が…。はたして、勝利を手にするのは…

カルナ暴走の原因…ペンダントを破壊したヤミとアスタの2人だが、カルナの暴走は加速する…！　だが、覚悟を決めたヤミの刃がついにカルナを捉らえる！　果たして、ヤミとアスタそしてカルナの運命は…。ブラッククローバー“もうひとつ”の物語、ここに完結!!