周囲から『落第剣士』と蔑まれる少年アレン。彼はある日、「押せば一億年間、時の世界へ囚われる」という呪われたボタン『一億年ボタン』を偶然手に入れ…! 『落第剣士』が紡ぐ剣戟無双ファンタジーここに開幕!

憧れの千刃学院へと入学を果たしたアレン。平和な日常を望む彼を待っていたのは…王女様との共同生活!? 敵意剥き出しのクラスメイト!? そして五学院の新入生最強を決める"大五聖祭"が幕を開ける!!

大五聖祭の騒動から数日後、停学処分を受け魔剣士として活動することになったアレンたち。修業の一環で魔獣駆除依頼を次々とこなしていく3人であったが、依頼先で訪れた街で、予想外の再会を果たし…!

千刃学院への復学早々、新入生部活動勧誘の洗礼を受けるアレンたち。そして、各部の存亡をかけた"部費戦争"へと臨んだアレンは、学院最強の剣士と名高い生徒会長・シィと刃を交えることになるが…!

氷王学院との合同夏合宿から戻ってきたのも束の間、突如リアの故郷であるヴェステリア王国へと呼び出されるアレンたち。そこで彼女の父・ヴェステリア国王から告げられたのは、リアの留学の打ち止めを懸けた決闘で…!! 果たしてアレンはリアの転校を阻止することが出来るのか!?

二学期が始まり、高等部の全剣術学院が出場する剣術の祭典「剣王祭」が迫る中、その出場枠を懸けた一年生たちの大会「一年戦争」が開幕する! 果たして、ただ1つの1年生枠を勝ち取るのは誰なのか!?

冥黒騎士団に連れ去られたリアを助けるべく奔走するアレンたち。やっとの思いで敵の拠点を発見し乗り込むが、彼らを待ち受けていたのは…! そして、立ちはだかる過去最強の剣士を前に、アレン覚醒の刻――!!

全剣術学院が集い、最強を決する"剣王祭"がついに開幕!! 千刃学院を代表して参戦するアレンは、強者との試合に胸躍るも、一方で冥黒騎士団との戦いの中で目覚めた、"闇"の力に戸惑いを隠せずにいたが…!

落第剣士VS神童!! "闇"を駆使して全学院最強の1年生に立ち向かえ!剣王祭の本戦へと駒を進めた千刃学院の前に立ちはだかるのは、優勝候補筆頭、そして全学院最強の1年生と名高い"神童"イドラを擁する白百合女学院!! 五学院同士の熾烈な戦いの行方はいかに…!!

白百合女学院との副将戦は佳境へ! 闇の覚醒により、イドラを圧倒し始めるアレン! 果たして激闘の行方、そして剣王祭の結果や如何に!? そして千刃学院では盛況必至の文化祭"千刃祭"が始まろうとしていた…!