2010年11月、β世界線――そこは「彼女」を救うことを諦めてしまった世界線。もう一人の「彼女」との邂逅から、再び運命の歯車が動き出す――。「シュタインズ・ゲート」の正統続編コミカライズ始動！！

第三次世界大戦が起こる未来を変えるため、現代へと単身タイムトラベルしてきた阿万音鈴羽。しかし、実は鈴羽と一緒に未来からやってきたもう一人のタイムトラベラーがいたのだった。その名は、椎名かがり――。

『Amadeus』が消滅した新たな世界線。そこでは、かがりが紅莉栖しか知りえない情報をいくつも持っているという異変が起きていた。検証を続けていく中で岡部たちは、とある恐ろしい仮説にたどり着く…。

世界線が変動した後、何故か2036年の未来で目を覚ました岡部。そこに広がっていたのは、これまで何度となく示された地獄のような光景だった。最悪の未来を覆すため、決意を新たに岡部は再び立ち上がり──。

牧瀬紅莉栖の遺品であるノートPCとハードディスクを巡り、水面下で各国の争いが始まっていた。その影響で世界線が変動し、目を覚ました岡部がいたのは「ソ連」と戦争中の日本で…。

紅莉栖の犠牲によって自分が生存していることを知ってしまったまゆり。岡部に…鳳凰院凶真に自身の想いを伝えるため、鈴羽と共に過去へと跳ぶことを決意する。その時、オペレーション・アークライトが発動され…？