魔術協会の総本山「時計塔」においてロードに叙されているエルメロイII世は、義妹のライネスから依頼を受け「剥離城アドラ」の遺産相続に立ち会うことに。弟子のグレイを伴い訪れた城で、悲愴な事件が始まる。

「剥離城アドラ」の城主の遺産をめぐり、ついに殺人が起こった。容疑者は全員アリバイなど無用の魔術師たち。調査を始めたエルメロイII世は、城に隠されたとある秘密に気付く――。

魔術刻印の修復師の遺産をめぐり、巻き起こった凄惨な殺人事件。エルメロイII世は断腸の思いですべての謎をつまびらかにしていく。そして解放されるグレイの力。【剥離城アドラ編】ついにクライマックス！

究極の美とは何か――？エルメロイII世の義妹・ライネスは、至高の美を持つとされる黄金姫・白銀姫のお披露目パーティーに出席した。三大派閥、冠位(グランド)の魔術師を巻き込む、闇の事件の幕が上がる！

双貌塔で起きた殺人事件の犯人だと疑われてしまったライネスは、疑いを晴らすため捜査を進める中、第二の殺人に遭遇してしまう。言い逃れができない状況の中、苦々しい表情で現れたのは現代魔術科の君主だった。

イゼルマの森で勃発した魔術戦は、アトラム・ガリアスタ、エルメロイ教室、【冠位】蒼崎橙子が入り乱れ、激しさを増していく。一方エルメロイII世は、究極の美の真実にたどりつくのであった。※「そして冒険へ…キャンペーン」対象書籍となります。キャンペーンに使用するパスワードは本編後にあるキャンペーンページに収録されております。

エルメロイII世が何よりも大切にしていた、とある英霊の聖遺物が盗まれた。代わりに置かれていたのは魔眼蒐集列車への招待状で――!? 点と点が絡み合い、星を巡る運命が動き出す。

魔眼蒐集列車に乗車したエルメロイII世たち。個性的な乗客たちに出会うが、聖遺物を盗んだ犯人の手がかりはつかめずにいた。そんなII世を嘲笑うかのように、少女の悲鳴が事件の幕開けを告げる――。

聖遺物を盗んだ犯人から呼び出された場所に、現れたのはイスカンダル第一の腹心を名乗るヘファイスティオンであった。さらにヘファイスティオンの猛攻を避けることが出来なかったII世は重傷を負ってしまい――!?

サーヴァント・ヘファイスティオンの猛攻によって重傷を負ってしまったエルメロイII世。探偵不在の中、法政科の化野菱理によって推理劇の幕が開けられる。七年前の連続殺人事件。失われた従者の生首。『王の軍勢（ルビ：アイオニオン・ヘタイロイ）』にはいない腹心。猛追を重ねる過去に、現在の自分を証明する闘いの木槌が打ち下ろされる。

「あなたが何者かと、そう考えてたんだ。サーヴァント」白熱する魔眼オークションの熱を冷ますようにエルメロイII世の手引きによって、飛び乗ってきた証拠。全ての謎を解体した先で、ついに宿敵の正体を見破る。その目が捉えたのは、過去か、未来か。

「では、語らせていただこうか。君と兄が出会う前の物語をね」魔眼蒐集列車での出来事から数か月後。新たなる目標を掲げたエルメロイII世を支えるべく内弟子であるグレイは己の過去と対峙する。グレイにとって、この旅の起点である、自身の故郷をライネスとエルメロイII世が訪れた際の出来事を聞くが――。物語は過去に遡り、隠された真実が明かされるcase.アトラスの契約、開幕。

「君が解くべき虚構の謎を追い求めよ」ドクター・ハートレスの手がかりを求め、グレイの故郷を再び訪れたグレイとエルメロイII世。村で再会したアトラス院の院長・ズェピアにハートレスについて問いただすが、答えが得られないまま「アトラスの兵器」の一つが起動したと言われ――。

ドクター・ハートレスにつながる手がかりを得るため赴いたグレイの故郷で、アトラス院の院長・ズェピアと相対したロード・エルメロイＩＩ世とグレイ。起動したアトラス院の兵器により、二人は過去の「再演」に巻き込まれた。再現された「二周目」は、II世とグレイの初対面の時だった。二人が知る未来、それは「グレイの死体が発見される」こと…。真実を探るため地下に下りた二人が遭遇したのは骸骨の群れを率いる謎の存在だった。停止したアッドの代わりに姿を現した円卓の騎士・ケイ卿の精神モデル、そしてベルサックの助けを借り、グレイは自分の宿命に挑むことを決意する。一方、聖堂教会や村人たちもそれぞれの思惑を抱え動き出すが…！？「Fate」シリーズにつながるコミカライズ、「case.アトラスの契約」佳境！