西暦2000年、中央アジアの山脈地底…表立った戦争や事件が確認されていないその場所に、『人理継続保障機関カルデア』は特異点の存在を見つけだす。早速、レイシフトを開始する藤丸立香たちだったが…。

背徳の都イースに潜入した藤丸たちを待ち受けていたのは、その女王・ダユー。不可思議な力とその無限増殖する部下たちに苦戦を強いられる。苦境の中、突然現れたのは、対立する勢力『不夜城のアサシン』であった…！

背徳の都・イースを後にして目指すは、『アサシン』の不夜城。一目には豪華絢爛たるその街は、『密告』を奨励する恐怖と裏切りにまみれた歪んだ理想郷だった。城主・アサシンと相対した藤丸は――！？

レジスタンスたちとともに、黄金郷へと打って出る藤丸たち。キャスターの協力により得た船に乗り、黄金郷のバーサーカーとの決戦が始まる…！　そんな中、巨英雄メガロスがまたしても出現し…！？

アガルタ最終決戦、開幕！ 黄金郷のバーサーカーvs巨英雄メガロスの熾烈な戦いは、ついに佳境に。圧倒的な戦闘センスを持つ黄金郷のバーサーカーに、防戦一方となるメガロスだが…!?

黒幕、登場！そして真相が明らかにーー！地底世界アガルタは崩れ去り、そして、最後の決戦が始まる。戦いの果てに、未完なる戦士・フェルグスが辿り着いた自らの答えとは…！？藤丸立香の地底世界の冒険譚、完結！