連合軍の夜襲により、夜間外出が禁じられている現代日本。夜の月に興味をもった朔夜が、夜の世界で目撃したものは、異国の神を模した巨大な怪物だった！？日本の神の力を宿して戦う、国家防衛バトルアクション！

夜の世界で怪物「神威」と戦うことを選んだ朔夜は、次第に隊の仲間たちとの絆を深めていく。一方、朔夜に固執するむつみは、心を読み取る「ツクヨミノミコト」の力を得て、帝国軍の基地へと侵入を試みるのだが…！？

帝国軍上層部は、イザナミの力を危険視して朔夜の進退を決めかねていた。一方、朔夜は真山副隊長と共に雷獣狩りの任務に出掛けたところ、突然言葉を話す強力な神威に襲われ――!?

東軍医を討つべく、海洋征伐の任務を受けた朔夜たち。空母・阿龍にて討伐に向かったところ、現れたのはギリシアの神・ポセイドンの神威！ 南隊長が自ら戦いに挑むが、兇刃なポセイドンに為す術もなく…？

秘匿された大陸・汎汽亜に上陸したアキ達。しかし、肋が独房の朔夜を穢化させたことで事態は一変、イザナミとなった朔夜は神威の大群と共に帝都に迫る――！ 未来は如何に！？ 全ての謎が明かされる、最終巻！