父と同じハンターになるため、そして父に会うため、ゴンの旅が始まった。同じようにハンターになるため試験を受ける、レオリオ・クラピカ・キルアと共に、次々と難関を突破していくが…!?

いよいよハンター試験開始！　 一次試験は、過酷なマラソンレースだ。ゴンは、レオリオ、クラピカとともに走り続ける。だが、深い霧に包まれた時、カードを操る不気味な奇術師、ヒソカに行く手を遮られた！

ハンター試験は、3次試験へと突入！　5人一組でトリックタワーを時間内に降りることが課題だ。ゴンたちを待ち受けていたのは、減刑を条件に試験官となった超長期刑囚。奴らの策略にタイムアップが迫る!!

4次試験続行中！　獲物である強敵ヒソカのプレートを手に入れたゴン。一方、ヒソカはレオリオとクラピカへ狙いを定める。いよいよハンター試験終盤戦、凄まじいヒソカの殺意に触れたゴンの足がすくむ!!

ついに最終試験終了！　殺し屋に友達はいらない…兄の冷酷な言葉に追いつめられ、失格となったキルア。その友を救うべくゴンは、クラピカ、レオリオと共に暗殺一族の故郷、ククルーマウンテンへと向かう!!

天空闘技場―それは天高くそびえたつ戦う者の聖地。ゴンの目的は、ヒソカに借りを返すための武者修行だ！50階へやって来たゴンとキルアが出会った心源流拳法の使い手・ズシ。彼が口にした「レン」とは…!?

念禁止令解除！　約束の2ヵ月が過ぎいよいよ本格的な修行開始だ！　ゴンはヒソカの出した条件、200階クラスでの1勝を目指す。そんな中、新人狙いの闘士たちがズシを人質にゴンとキルアを脅迫してきた…!!

父親・ジンを見つけ出すこと、それがハンターとなったゴンの最初の仕事!!　キルアと共にくじら島へ帰ってきたゴンは、ジンが預けたという箱を手に入れた。その中には、謎のアイテムが3つ入っていたが…!?

9月1日、地下競売場から人々が忽然と姿を消し、お宝がなくなった!?　その行方をめぐり幻影旅団が残虐なる姿を現し始め、騒然となるヨークシン。一方ゴンは、幻のゲーム入手のため金策に励んでいたが…。

最低落札希望価格89億ジェニー!!　伝説のハンター専用ゲーム「グリードアイランド」の落札資金稼ぎは残り3日！　高額な懸賞金のかかった旅団の情報を集めつつ、凝による掘り出し物探しをするゴンらだが…!?

出口がないなら作るまで!!　壁をぶち破り旅団のアジトから脱出したゴンとキルア。一方クラピカは、十老頭が雇った暗殺チームに加わり旅団を追う事に。だがついに団長自らが動き始め、復讐劇の幕が上がった!!

死体は偽物！　ヒソカの密告で旅団の生存を知ったゴンら。さらなる復讐にかられるクラピカだが、その身は旅団にとっても復讐の的。互いの想いが交錯する中、クラピカを、そして旅団をも止めたいゴンは…!?

頭を取ってもクモは死なない…。ついに団長を捕えたクラピカだが、旅団はいつでも頭を切り捨てられる集団であることを悟る。だが、ゴンとキルアを救うため、団長の人質としての価値に賭けることにするが!?

ゲームを楽しめ！　ジンのメッセージを受け取り、いよいよG・I（グリード・アイランド）をスタートさせたゴン。なにもかもが未知数の中、とにかく前へ進むことにしたゴンらは他プレイヤーに遭遇。謎の呪文でキルアが攻撃され…!?

魔法都市・マサドラ到着!!　呪文カードを買い、ゲーム本格始動！…と思いきや、ビスケの修行はまだまだ始まったばかり。基礎を磨き順序よく「念」を鍛えるゴンらだったが、G・I（グリード・アイランド）内では異変が起こり始めて!?

全51種・61枚のカードをゲット！　G・I（グリード・アイランド）になれてきたゴンらは、順調にカードを入手しクリアへ向けゲームを進めていた。だが一方、コンプリート目前のゲンスルー組とツェズゲラ組が緊迫の交渉を開始し…!?

最初はグー！　ジャン!!　ケン!!!　グー!!!　「一坪の海岸線」ゲットのためのドッジボール対決は、終盤戦に突入。力の差を見せつけ、容赦ない攻撃を繰り出すレイザーに対し、ゴンの怒りの必殺技が炸裂する!!

いよいよ作戦決行!!　圧倒的な力の差を埋める秘策を胸に「爆弾魔」と対するゴン。だが優位に立つゲンスルーは、その能力を使おうともしない。どうしても一泡ふかせたいゴンは、無謀な考えを思いつくが…!?

一日50体の人間を…!!　王を産む準備に入り、より多くの餌を欲するキメラアントの女王。そのあまりに危険な隔離指定生物の存在を予感したカイトは、ゴン達を連れ謎多きエコ団体、NGL自治国へ赴いたが!?

ナックルとシュートを倒し割符を奪う…!!　期限は1か月!!　それがネテロ会長が出したNGLへ戻る条件。ゴンとキルアはビスケの下、さっそく猛特訓を開始した。一方、NGLでは討伐部隊が動き始めたが!?

待ってて、カイト…。割符をめぐりゴン達が戦いを続ける中、NGLでは早くも王が誕生。あまりに残忍で非道なる王、そして統率の取れなくなったキメラ＝アント達、混乱するNGLにゴン達は向かえるのか!?

拡大するキメラ＝アントの脅威!!　自らが王となるべく、世界を襲い始めた異形のアリたち。流星街に巣くった自称“女王”討伐に幻影旅団が動く一方、ゴンはカイトを取り戻すため、東ゴルトーに潜入したが…!?

東ゴルトーに潜入し、王討伐に動き出したハンター達！　潜伏するゴンとは別行動を取るキルアは、敵に見つかり、絶え間なく刺客に襲撃され続ける。完全監視の中、手の内は見せられない…。勝機はあるのか!?

宮殿内で王に異変!?　コムギとの軍儀の対戦中、軍儀への覚悟のなさから、王は自らの身体を傷つける。一方この機にノヴは宮殿内部へ「入り口」を作りに潜入!!　王とゴン達、互いの準備が進む中、選別の時が迫る!!

ついに宮殿内に突入!!　中央大階段の脇から飛び出したゴン達!!　そして空からやってくる会長。一方ユピーは、ゴン達が予期しなかった階段にいた。対峙するゴン達一行。壮絶な死闘の幕が上がる中、王は…。

宮殿内でハンター達とキメラ＝アントが交戦開始!!　だがユピーと戦うシュートは苦戦していた。限界に近づくシュートを前に、何も出来ないナックルは…。一方、ゴンとキルアは、ピトーとついに対峙するが…!!

ユピーに追いつめられ、窮地に立たされたナックルだが、キルアの落雷によって間一髪で救われる！　秘策を打ち出すべく、ナックルは再び戦いに挑みにいく。一方、コムギの回復を待つゴンのもとに現れたのは…!?

混戦極まるキメラ＝アントVS人間。宮殿から離れた地で、ネテロと王は熾烈な戦いを。そして意外な結末が!?　一方、キルアは、ゴンが安否を気にしていたパームと再会。だがパームの行動に不可解な点を感じて…。

ユピーとプフの力により、王が復活。だが王は一時的に記憶が混濁していた。このチャンスに邪魔なコムギ抹殺を狙うプフ。それを守るハンター達!!　一方カイトの下へ向かったゴンは、ピトーの告白に衝撃を受け…。

失われた王の記憶を巡り、進められる王とプフの勝負。王は“円”に反応したウェルフィンの下へ。そして追い詰められたウェルフィンの一言が、王の記憶を呼び覚ます。一方パームが語る、王に使った爆弾の正体とは!?

ネテロが託した次期会長選挙が始まった。副会長・パリストンの攪乱で荒れる選挙戦。一方、重体のゴンを救いたいキルアは、幽閉されている家族・アルカの力を借りるために実家へ戻る。そのアルカの能力とは!?

ハンター協会会長選の候補者が4名に絞られた。副会長のパリストン、ミザイストムとチードル、レオリオ…陰謀×野望渦巻く中、会長になるのは!?　一方、キルアとアルカは重体のゴンの下へ。ゴン復活なるか!?

ビヨンドの“狩”の依頼や亡きネテロからの指令に揺れるハンター協会。そしてビヨンドに付き暗躍するパリストンの下へはジンが現れ…。一方、十二支ん欠員にはレオリオとクラピカが!?　それぞれの思惑が絡み合い…。

天空闘技場でヒソカとクロロの死闘開始!!　新能力を披露しつつヒソカを追い詰めるクロロ。極限の闘いで勝つのは!?　そして、ついに暗黒大陸へ出航したクラピカとカキン王国王子達。だが早速不可解な死が…。

船内で念獣が動き出しクラピカ達を襲う。警護の大部分を失う中、3人の王子から連絡が。一体どの王子との接触が王子（ワブル）の生存への道なのか!?　そして各王子の計略が入り乱れる中、ついに王子の中から犠牲が!?

クラピカ主催の念の講習中に参加者の一人が殺害された。講習を続行しつつ、暗殺者を探すクラピカ。一方、第2王子（カミーラ）は第1王子（ベンジャミン）の殺害に向かい、第13王子（マラヤーム）の部屋では異変が。不可解な事件が続く中、旅団（クモ）が動き出し!?

クラピカは船内の不穏な鳴動を感知しながらも、講習会は次の段階へ。その間に他の王子達も動き出し、継承戦が本格化していく…。さらに下層では、ヒソカを捜す旅団（クモ）を巻き込んでマフィア達が抗争を始め…!?

暗黒大陸を目指す船内での三つ巴のマフィア抗争は激化。2つの組が共闘し、さらにヒソカを追う幻影旅団も抗争に加わり、エイ＝イ一家を狩り始める。その最中、ノブナガは幻影旅団結成のいきさつを追懐し…。