沖縄の離島で暮らす、１３歳の少年・アオは島を危機から救うため、“眠れる巨人”ニルヴァーシュを覚醒させる！！

パイドパイパー隊の助けもあり、二体目のシークレットを撃破したアオは島を出てゲネラシオン本部へ向かう。そして、彼の前に現れた母を知るトゥルースの目的とは!?母の面影を追い求め、少年の運命は加速していく!!

人工衛星の軌道近くにスカブコーラルが出現し、宇宙へと赴くチーム・パイドパイパー。無事シークレットを撃破したアオだったが、トゥルースの策略により絶体絶命の危機に――！？

エウレカが光の柱の中へ消え去った後、世界中でスカブバーストが頻発し、シークレットの出現も急増。緊急事態にゲネラシオン・ブルは「ポラリス作戦」を実行するのだが…！？

クォーツガンを巡るトゥルースとの最終決戦。そして、あの男がアオの前に現れる…。父レントンの覚悟、母エウレカの思い。そして、アオの決意。すべての謎を越えて、アオが手にする未来とは――――！？