両親を亡くし教会にひきとられ育った少年・薫。ある日彼が学校から帰ると、神父に義兄の真澄とともにある老人のもとへ連れて行かれる。そして長剣を渡され、告げられた。「今日からお前はエスクードとなるのだ」と。

あれから半年。正式な就任式を数日後に控えていた深津薫は、マリウス（エスクードとは別の教皇庁の秘密組織）の女エージェント・エリスと出会う。彼女は、婚約者を見つける手伝いをして欲しいと薫に持ちかけるのだが

日本に帰ってきた深津薫に、新しいパートナーが派遣されてきた。それはイギリス貴族の美少女魔術師！　難儀なパートナーと共に、薫は発見された魔獣のミイラと高校生失踪事件の関連性を探るが……