共鳴無敵の落ちこぼれ

クレイ学術研究都市――突然現れた電影と呼ばれる怪物たちと戦うため、ここには世界中から人々が集められていた。中でも切り札なのが、科学魔術師と呼ばれる存在である。そんな科学魔術師の少年・月谷春斗は、とある能力の偏りのため、変わり者扱いを受けていた。ある日、春斗は教師から呼び出しを受ける。そこにいたのは、学年一の美少女・乙部イオン。春斗とイオンは、補習として、ふたりで電影狩りをすることになるが……!?

魔女アニカ討伐事件から数日後のある日。春斗たちは、戦豪という第九学区の元代表生徒によるテロ行為の噂を耳にする。さらに、春斗の前に、治安機構に保護されていたはずのアニカが現れた。彼女によれば、魔術師たちがアニカの暗殺を企てているらしい。アニカを――そして学研都市を守るため、春斗とイオンは、クレイ最強の科学魔術師である『緑閃の天体殺し』シャロン・ワンダーフォースとともに戦うことを決意するが――!?