婚約者に裏切られた錬金術師は、独立して『ざまぁ』します

錬金術師のオイゲンは亡き師匠の娘エリーと婚約し、受け継いだ錬金工房を一生懸命もり立てていた。しかし、一人の新人錬金術師スタリオンを雇ったことで状況が一変する。突然言い渡されるエリーからの婚約破棄、さらに工房をスタリオンに一任すると言いだし、あえなくオイゲンは身一つで追い出されてしまう……。全てを失ったオイゲンだが、錬金術の情熱を忘れず新たな仲間とともに幸せな生活を送る、NTR錬金術師の心機一転ストーリー。

ゾンビ波、ゾンビ玉の影響から壊滅的な被害を受けた商業都市ダスオンであったが、ロイエンタール侯爵の手腕とオイゲンの尽力により復興の兆しを見せつつあった。しかしそんな折に『滅亡病』という働き盛りの若い人間にしか感染しない疫病が発生、世界的に大流行してしまう。オイゲンは予防・治療薬を錬金して懸命に人々を助けていくが、隣国で滅亡病の変異種が生まれようとしていて――。NTR（ネトラレ）錬金術師の心機一転ストーリー第2弾!!

新ブルネン王国の公爵となったオイゲンは、家業の錬金術で工作機械や車など現代の知識を活かした様々な開発を行い、王国の発展に尽力していた。一方、スタリオンとフランソワは西の大陸にある神聖ラーベ帝国に逃げ込み図太く金儲けに勤しんでいたが、内乱を制して血の玉座に坐す、皇帝テレジア一世に目を付けられてしまう。世界の覇権を狙う西の大陸と緊張が高まる中、オイゲンの元に産みの親と兄たち、そしてかつてオイゲンを婚約破棄して追い出した例の母娘が忍び寄って来るのであった――。