ある夜、五十嵐那智（いがらしなち）と弟の淑（とし）は二人の女の子が空から落ちてくるのを目撃する。彼女たちの名はコンパイラとアセンブラ。二人の目的とは“破壊”と“創造”のゲーム……つまり『地球征服』であった!!

淑(とし)に想いをよせるお嬢様・天堂寺恵(てんどうじめぐみ)にとって、いつも淑と一緒にいるアセンブラは邪魔だった。そこで恵は淑を迎えに行き、仲良く一緒に登校するさまをアセンブラに見せつける！　二人のことが気になるアセンブラは能力を使い、転校生として学校に入り込む。そして、淑をめぐる女の戦いの幕がきって落とされた!!

ありがとう、コンパイラ。ありがとう、アセンブラ。ありがとう、インタプリタ。変な笑いをありがとう。今、万感の想いを込めて僕らは君達にこう言おう。さらば、コンパイラ。さらば、電次元。さらば、青春の日よ。――空前絶後のスーダラ漫画、ひとまず完結!!　そして『アセンブラ０Ｘ』へ続く……!?