「キューブ」と呼ばれるダンジョンが出現し、人類が魔力を獲得した世界――ここでは生まれ持った魔力量が強さの指標だった。魔力をほぼ持たない少年・天地灰は重い病で臥せる妹・凪の治療費を稼ぐために雑用係としてダンジョン攻略に勤しんでいた。しかし、パーティーから追放されてしまいさらに不運は続き、凪の容態が急変。莫大な治療費をすぐ払えなければ、一生、目を覚ますことはない……。窮地の灰は、無謀にも多額の報酬がかかった未知のダンジョン調査に参加を決めるが――!?大切な妹のため、最弱の少年は運命に抗う。

妹を救うのに必要な莫大な治療費を稼ぐため、未知のキューブへの調査に参加した天地灰を待ち受けていたもの、それは「神の試練」。力の試練、知の試練、そして迎えた心の試練で究極の選択を迫られた灰は自らが死ぬことを受け入れ、この世を去る――はずだった。だが、目を覚ましてみると試練を突破し「神の眼」を託され、キューブからも解放。そして、その眼にはあらゆるもののステータスが見られる特別な能力が宿っていて――!?その能力で奇病によって眠ったままの妹・凪の治療の糸口があることを知った灰は……。力を手に入れた最弱の少年は、再び立ち上がる。