アクエリオンのかつての激戦から１万２千年後、異次元からのアブダクターが人間を拉致し、その襲来に人々は怯えて暮らしていた。これに対抗できるのは「アクエリア」と呼ばれる合体兵器のみ。自分に自信のないアマタは、映画館でミコノという少女と出会ったところ敵に襲われ――!? いま、終わりを抱いた神話がはじまる！

アクエリオンのパイロット候補生として聖天使学園に入学することになったアマタは、ミコノに想いをよせるがなかなか上手くいかない。そして学園に現れた不動ＺＥＮ総司令は男女共学になった学園生徒達にこう告げる。「恋愛禁止」と――!? 新たな敵が次々と街を襲来する中、アマタ達の恋の行方はどうなるのか!?

ゼシカ・アマタ・ミコノ、そしてカグラの複雑な恋愛関係がはじまりを見せる中、敵方のパイロット、ジンが謎の転校生として彼らの前に現れる。そして彼が出会った少女、ユノハは、自分に自信がないばかりに、「消える」エレメント能力を持った女の子だった――…。ふたりの淡い恋の行方はどうなるのか！？

宇宙より現れた敵のパイロットのカグラが学園に襲来!! ミコノを誘拐し、「シルフィー」と親愛を示す彼の真意は!? そしてアマタに想いをよせ、告白するゼシカは、その想いを利用されてミカゲの手に堕ちる――!? ４人の運命の恋はどうなるのか!? アクエリオンＴＶシリーズとは別展開のコミックスをお届け!!

アマタへの恋が破れたゼシカはミカゲの手に落ち、その姿を男性へと変化させた。アマタは、自身とカグラの関係の記憶を取り戻していた。そして自らの気持ちに気づいたミコノは、姿を消した不動を追い、神話型アクエリオンの眠る湖へと辿り着く――いま、神話の真実が明かされる!!