人ではないものが見え、頭の中で七つの声が響くことに疲れ果てていた枢木縁。そんな縁が出会ったのは、美少女陰陽師・草壁蒼子。怪異退治の仕事を手伝ってほしいと言われた縁は、蒼子と全国の怪異を巡ることに……。

浅草で行方不明事件が多発。さらに『夜中に動く骸骨を見た』という噂が広がっていた。解決に乗り出した陰陽師の蒼子と女子高生の縁。蒼子と因縁がありそうな、怪異を斃す怪異＝黒巫女の正体にも迫りつつあり!?

京都で謎の昏睡状態に陥る人が多発していた。その原因は、なんと「怪異」。『冥土通いの井戸』に亀裂から魑魅魍魎が現世に現れ、人間を襲っていたのだ。最凶の妖怪『鵺』も、力を取り戻すため、縁に襲いかかるがー。